有機(jī)肥中含有的或分化發(fā)生的某些物資對(duì)植物根系具備克制感化，如秸稈在分化進(jìn)程中常釋放出大趁的有機(jī)酸積聚于作物根部而迫害根系，尤其是低級(jí)飽和脂肪酸對(duì)作物的迫害性更大。常見的有機(jī)酸無害性次序?yàn)?丁酸>丙酸>乙酸>甲酸>草酸。在水田嫌氣條件下，秸稈可分化發(fā)生香草酸、P一香豆酸、丁香酸、兒茶酸、阿魏酸等腐解產(chǎn)品，它們不但能克制種子萌生，還會(huì)損害作物幼根.乙酸濃度大于1x10'3mg}L''時(shí)，能低落作物對(duì)P, K和Si等有機(jī)營養(yǎng)的吸收功能。

貴州有機(jī)肥不同來源的有機(jī)肥可能含有一些特殊成分，如城市污水和污泥中含有一些無害重金屬元素，這類有機(jī)肥如果不經(jīng)處理或處理不當(dāng)而直接施入農(nóng)田，不可避免地會(huì)造成土壤中重金屬的積聚，一旦進(jìn)入食物鏈中將會(huì)迫害人體康健。在當(dāng)前，為提高植物肉、蛋產(chǎn)量，削減發(fā)病率，畜牧業(yè)生產(chǎn)往往使用各種添加劑，如發(fā)展激素、抗生素和有機(jī)砷酸、含銅化合物等，這些物資最終都不程度隨植物糞尿排出，是以，歷久施用糞肥就可能招致其中一些無害物資在土壤中積聚。

據(jù)Chang等和Kingery等研討報(bào)導(dǎo)，在歷久大批施用糞肥的條件下，土壤表層Cu, Zn有顯著積聚。重金屬對(duì)土壤的凈化經(jīng)常是永遠(yuǎn)性的，并且在很大程度上是不可逆進(jìn)程.是以，施用污泥類有機(jī)肥必需鄭重，一些國家還制定了土壤重金屬最大容許負(fù)荷目標(biāo)。

多半有機(jī)廢棄物如糞尿類、堆肥類和城市垃圾等都攜帶一些病原菌等，它們不僅對(duì)土壤康健無害，并且通過不康健土壤流傳病菌，進(jìn)而影響植物發(fā)展和迫害人類康健。某些有機(jī)肥如畜禽糞便與污泥中還含有一些難分化的有機(jī)物資，它們經(jīng)常隨污水排放進(jìn)入水體，并且也可在土壤中歷久殘留，使水體和土壤發(fā)生凈化。

另有就是部門有機(jī)肥廠商的不正軌招致，因?yàn)檠b備工藝不完善招致產(chǎn)品發(fā)酵不完整。而有機(jī)肥不完整發(fā)酵，那末對(duì)作物會(huì)呈現(xiàn)嚴(yán)重?fù)p害，像燒苗、熏棵，甚至于招致土壤板結(jié)等征象。此類事輕易防備，抉擇一個(gè)正軌的好品牌就能夠。比方說沐之農(nóng)牌“奇田大盛”生物有機(jī)肥：采納畜禽糞便、農(nóng)業(yè)有機(jī)廢棄物等有機(jī)物料，經(jīng)微生物熟腐發(fā)酵，應(yīng)用當(dāng)代生產(chǎn)工藝和微生物分解技巧，完整發(fā)酵。